Milo-t az ifjú nyelvészt nem csak tudományos szempontból érdekli Atlantisz rejtélye. Nagyapja is szenvedélyesen kutatta az ókori csoda titkát és állítólag a nyomára is jutott a megoldásnak, birtokában volt az Atlantisz minden titkát rejtő könyv. Whitmore, a különc milliomos hisz a legendáknak, ezért veszi be expedíciójába a habókos tudóst. A szakértőkből és kalandorokból verbuvált csapat egy óriás tengeralattjárón indul útnak, és titokzatos hajótörése után sem adja fel, ismeretlen vízalatti tájakon halad véső célja felé. Milo segítségével a kis csapat eljut Atlantiszra, de nem romokat talál, hanem egy csodálatos királyságot. Milo összebarátkozik Kida hercegnővel, és amikor rá jön, hogy társai nem is tudományos céllal érkeztek ide, elhatározza, hogy megmenti a tengermélyi birodalmat….